از نیمه سده دوازدهم به بعد نوشته های ارسطو از عربی به لاتین ترجمه شد. کلیسا در آغاز به دشمنی با آن برخاست. اما به زودی آموزه های ارسطو چون بنیاد فلسفی کلیسا به رسمیت شناخته شد.
مدرسیان یا اسکولاستیک ها، تعبیرکنندگان و مدافعان ارسطو شدند. آنان ایده های ارسطویی را با مفاهیم دینی و فلسفی خود سازگار کردند، جنبه های نخ نما شده آموزه ارسطو مثل سامانه زمین مرکزی و اصول فیریک ارسطو را به جزمیات برگرداندند و تمامی چیزهایی که در فلسفه ارسطو به درد علم می خورد مردود شناختند.
مدافعان اصلی مدرسه گرایی در سده سیزدهم عبارت بودند از قدیس آلبرت کبیر، توماس آکیناس و جان دونس اسکوتس. کلیسا در نیمه سده نوزدهم اجازه شرعی داد که نظرات توماس آکیناس چونان آموزه های فلسفی رسمی اش اعلام گردد.
یکی از معاصران سه نفر مدرسیان سده سیزدهم راجر بیکن بود که به مبنای اجتماعی جامعه فئودالی معترض بود. توسعه شهرها، هنرها و پیشه ها، بازرگانی و مسیرهای تجارتی در سده سیزدهم و تماس با شرق که بر اثر جنگ های صلیبی گسترش یافته بود تا اندازه ای سبب اعتلای فلسفه به ویژه مکتب نام گرایی شد که برجسته ترین مدافعان آن ویلیام اوکامی و پیروان مکتب پاریسی او بودند.
پیکار ایدئولوژیک فقط درون اسکولاستیسیسم پیش نرفت، رازوری یا عرفان نیز با آن مخالف بود. مشرب اخیر قدرت و اعتبار کلیسا و آموزه های آن را تحت شعاع گواهی حواس و شعور ذهنی انسان قرار می داد. عرفان گرایی در زندگی معنوی جامعه فئودالی اغلب لفافه ای از مخالفت با دین رسمی و اجباری در بر داشت: رویکرد شخصی مومن با خدا به انتقاد از ایدئولوژی و نظام اجتماعی فئودالی و حتی مبارزه با آنها انجامید.
اما در میان عرفا جناحی ارتجاعی نظیر برنارد کلاروو و بونا ونتورا نیز وجود داشت. یک جنبش ضد اسکولاستیک نیرومندی در سده سیزدهم پدید آمد که آن را آموزه های ابن رشد به بار نشاند. ابن رشد قائل به میرایی نفس یا روح انسان و میرایی یک عقل مشترک برای همگان بود. این اندیشه ها از سوی سیگر برابانت، پیکارجوی دلیر ضد مدرسی از دانشگاه پاریس پیگیری شد. وی در 1282 به قتل رسید.
در اوایل سده دوازدهم شاخه های دومینیکن ها و فرانسیسکن ها مجهز شدند که علیه مرتدان، ضد کلیساسس ها و اندیشه های نوین فلسفی به مبارزه برخیرند. در سده دوازدهم، طلاب این دو شاخه پروژه پاپ گریگوری نهم را در اصلاح کردن آموزش ارسطو در انطباق با ایدئولوژی کاتولیکی به مورد اجرا گذاشتند.
به رغم رشد نسبی فلسفه قرون وسطا در سده سیزدهم، نتایج بیش از یکهزار سال دستاورد چه در فلسفه و چه در علم ناقص مانده بود زیرا حتی متفکران بزرگ به راه ها و وسایل توجیه دین بیش از حقیقت تعلق خاطر داشتند، دستگاه کلیسا در جامعه قرون وسطا مانع ابتکار و اندیشه کسانی بود که شهامت کافی داشتند که از چارچوب متعصبانه آن فراتر بروند.
از نیمه های سده چهاردهم میلادی نیروی سیاسی یا به عبارت بهتر مقامات کلیسایی، در دانشگاه ها به طور مستقیم دخالت کردند و آموزش اندیشه هایی را که نمی پسندیدند ممنوع اعلام کردند و متخلفان را به کیفرهای شدید محکوم نمودند. فیلسوفان نزدیک به قدرت یا نزدیک به سنت کلیسایی هم دیگر با مخالفان خود به بحث نمی پرداختند بلکه از قدرت سیاسی می خواستند که رقبا را سانسور نماید.
رفته رفته اساتید بزرگ از دانشگاه ها فاصله گرفتند یا قدرت سیاسی-مذهبی نام آنان را از فهرست استادان پاک کرد. بزرگان اندیشه غرب در مراکزی غیر از دانشگاه های زیر نظارت کلیسا به مطالعه، اندیشیدن و تدریس دانسته های خود پرداختند.
سده پانزدهم را از حیث تولید اندیشه فلسفی در شکار فقیرترین سده قرون وسطا آورده اند. اما در ایتالیا و شمال اروپا اندیشه دیگری که اندیشه دوره رنسانس نامیده می شود، خود نمایی می کرد. اغلب فیلسوفان مدرسی به مباحث نظری بی ثمر در گروه های خاص در دانشگاه هایی که دل در گرو گذشته خود بسته بودند، ادامه می دادند.
در این سده به جز نیکولائوس کوسانوس متفکر برجسته دیگری را در فلسفه و کلام نمی توان یافت. او نیز دیگر متعلق به فرهنگ حاکم در دانشگاه ها نبود. با او و متفکران دیگری همچون او ظهور رنسانس را میتوان مشاهده کرد. فلسفه مدرسی به احتضار افتاده بود و غرب در انتظار اندیشه های نوینی بود که در ایتالیا و شمال اروپا در حال رشد و نمو بود.
دلایل اجتماعی و سیاسی بسیاری را می توان برای این انحطاط فرهنگی ذکر کرد» جنگ های خونین بین پادشاهان به انگیزه فتح سرزمین های بیشتر و کسب قدرت، فساد روز افزون کلیسا که منتهی به اصلاح دینی در سده شانزدهم گشت، بیماری های گوناگون مثل طاعون که گاه تا دو سوم جمعیت برخی از مناطق را ازمیان می برد، پر شدن ظرفیت تمدنی که برای ادامه حیات نیاز به تغییر و اصلاح داشت.
بیشتر بخوانیم: